Ägedad hingamisteede infektsioonid on lastel tavalised hingamisteede haigused, mida sageli põhjustavad viirused. Hingamisteede süntsütiaalse viirus (RSV) ja hingamisteede adenoviirus (ADV) on kaks tavalist patogeeni, mis põhjustavad lastel ägedaid hingamisteede nakkusi. Kerged juhtumid võivad põhjustada tavalisi külma sümptomeid, näiteks köha ja nohu, samas kui rasked juhtumid võivad põhjustada raskeid tüsistusi, näiteks kopsupõletikku ja keskkõrvapõletikku. Maailma Terviseorganisatsiooni soovituste kohaselt peab patogeenide tuvastamine olema kiire, täpne, tundlik ja spetsiifiline ning ei peaks toetuma spetsialiseeritud tehnikutele ega suurtele instrumentidele. Seetõttu on eriti oluline välja töötada RSV ja ADV jaoks tuvastusmeetod, mis vastab ülaltoodud avastamisnõuetele.
Shenzheni lastehaigla pediaatriainstituudi direktori Ma Dongli uurimisrühm avaldas artikli "Multiplex rekombinaasi polümeraasi amplifikatsioonianalüüs koos CRISPR/ CAS12A -ga hingamisteede süntütiaalse viiruse ja hingamisteede adenoviiruse tuvastamiseks" ajakirjas "Teaduslik reportaaž" 4,6 -ga.
Teadusuuringute ülevaade
Multi-ensüümi isotermiline kiire nukleiinhappe amplifikatsioonitehnoloogia Mira on kombineeritud CRISPR/CAS-i tuvastamise süsteemiga. Kavandades Mira praimerid ja CRISPR RNA -d (CRRNA -d), teostades mitme järjestuse võrdlusi, optimeerides reaktsioonitingimusi ja kasutades tundlikkuse ja spetsiifilisuse kontrollimiseks fluorestsentsi numbriliste tuvastamise seadmeid.
Ja kasutades võrdluskontrollina QPCR tulemusi, uuriti 160 kliinilise kurgu tampooniproovi testi tulemuste järjepidevust.
Eksperimentaalsed tulemused
1. Mira-CRISPR/CAS12A tuvastamise meetodi tundlikkus ja spetsiifilisus
Mira meetodi tuvastamisel kasutatakse RSV-F1/R1 praimeripaari RSV, ADV, PIV, PIV, RHV, MP, CP, FLUB, HMPV, FLUA või RSV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/ADV/Adv. Välja arvatud RSV ja ADV, millel olid võimendatud ribad, olid muud tulemused negatiivsed, mis näitas, et valitud Mira praimerid ei reageerinud ristitud ülejäänud kaheksa testitud patogeeniga ja olid hästi konserveerunud.
Seejärel lahjendati RSV ja ADV rekombinantsed plasmiidid 10 -st aega, kasutades steriilset vett, ning RSV ja ADV tuvastuspiirid olid mõlemad 10 106koopiad/ml.
(1-10: vastavalt RSV, RSV/ADV kaasinfektsiooni ja muude hingamisteede patogeeniproovide kurgu tampooniproovid)
2. võrrelge QPCR -iga
Võrreldes QPCR -meetodiga, on RSV ja ADV tuvastuspiirid mõlemad 103 eksemplari/ml
(RSV ja ADV tuvastamise tundlikkus)
Mira-CRISPR-meetod sobib rohkem rohujuuretasandi laboratooriumidele, lühikese avastamise aja, lihtsa tööga ja eksperimentaalsete toimingute tegemiseks pole vaja suuremahulisi QPCR-instrumente.
3. kliiniliste proovide võrdlus
160 ägeda hingamisteede infektsioonidega lapselt koguti kurgu tampooniproovid. Samal ajal kasutati tuvastamiseks Mira-CRISPR ja QPCR meetodit ning tulemusi võrreldi kliiniliste uuringute tulemustega.
Võrreldes QPCR-meetodiga oli RSV ja ADV MIRA-CRISPR meetodi tundlikkus vastavalt 98,1% ja 91,4% ning tuvastamise spetsiifilisus oli 1 0 0%. Kappa väärtus on suurem kui 0,95, mis näitab kõrget järjepidevust.
Mira-CRISPR-meetodil on RSV ja ADV kiire, tundliku ja spetsiifilise tuvastamise eelised. See suudab viirusnakkusi kiiresti ja täpselt tuvastada ning sobib paremini kasutamiseks väheste meditsiiniliste ressurssidega piirkondades.